A história da Igreja Presbiteriana inicia-se com a Reforma Protestante no Século XVI, com os ousados protestos do monge agostiniano Martinho Lutero, contra as corrupções na Igreja da sua época. Na França, essa Reforma foi dirigida por João Calvino que, perseguido, se estabeleceu em Genebra, de onde os seus exaustivos ensinos doutrinários se estenderam por toda a Europa. Na Escócia, a Igreja protestante foi organizada pelo sacerdote John Knox e mais tarde passou a ser chamada de Igreja Presbiteriana, por causa do desempenho dos mais velhos (presbíteros, em grego). 

Igreja Presbiteriana no Brasil teve início com a vinda do missionário norte-americano Ashbel Green Simonton, em agosto de 1859. Em apenas oito anos, ele lançou as bases da Igreja Presbiteriana, no Rio de Janeiro, em 1862, além de uma Escola Dominical, um Jornal, um Presbitério e um Seminário. Em 1867, ele morreu vítima de febre amarela.

A Igreja Presbiteriana Setor Sul teve início no primeiro semestre de 1984. O Rev. Ronaldo de Paula Cavalcante, na época pastor auxiliar da Igreja Presbiteriana de Anápolis, demonstrou o desejo de abrir um ponto de pregação na parte Sul da cidade de Anápolis, região de sua residência, que também sinalizava grande potencial de desenvolvimento.

Os cultos foram iniciados no segundo semestre de 1984, na casa do Rev. Ronaldo, com 5 pessoas. Dois meses depois, os encontros já contavam com mais de 30 participantes, levando-os a saírem da casa do Rev. Ronaldo para uma casa na Avenida Brasil, número 1521. Em 18 de setembro de 1984, realizou-se a primeira reunião nesse local. Um ano depois, em setembro de 1985, a igreja conseguiu um galpão com uma casa anexa, onde está até o dia hoje.

A Igreja Presbiteriana Setor Sul foi organizada no dia 29 de novembro de 1986, com setenta membros comungantes. O Presidente da Comissão organizadora foi o Rev. Aristeu de Oliveira Pires, que também pastoreou e comandou dois processos de transição, de outubro a dezembro de 1990 na saída do Brasil do Rev. Ronaldo e antes do seu retorno da Espanha entre janeiro e julho de 1993.

A IPSS foi pastoreada por homens realmente comprometidos com o anúncio e expansão do Reino de Deus: